La Unidad de Microarreglos del Instituto Nacional de Medicina Genómica cuenta con experiencia de más de 7 años brindando servicio y testificando activamente el avance de esta tecnología.
Actualmente se procesan microarreglos de última generación globalmente utilizados en ciencia básica, clínica y aplicada; ya que su uso es tan versátil como la creatividad del investigador, permitiéndoles incursionar en diversos estudios con aplicaciones que pueden llevarse a cabo dentro de esta Unidad que cuenta con personal capacitado para asesorar y procesar protocolos de investigación basados en microarreglos.
Los microarreglos han demostrado ser la técnica por excelencia enfocada en el estudio de múltiples genes para detectar las diferencias entre condiciones como salud y enfermedad y con ello diseñar estrategias de diagnóstico temprano personalizado y tratamientos médicos mucho más efectivos.
*NOTA: En esta Unidad se reciben los ácidos nucleicos ya extraídos y purificados, no se realizan extracciones de DNA; favor de referirse a la sección de Laboratorio de Diagnóstico Genómico si está interesado en servicio de extracción de DNA.
Microarreglos de Genotipificación de Genoma Completo
Determinación y agrupamiento de genotipos, frecuencias alélicas y genotípicas, por evaluación desde 110 mil hasta 5 millones de variaciones de un sólo nucleotido (SNP's), Variaciones en Número de Copia, SNP's en genoma mitocondrial, cromosomas sexuales; con contenido de diferentes ancestrías y con posibilidad imputación (debida a los Tag SNP’s evaluados). Incluso, microarreglos de resecuenciación de pequeñas regiones específicas de distintos genomas (Tilling Arrays), determinación de Inserciones-Deleciones, marcadores para análisis de ligamiento y variantes en el MHC.
Requerimientos de la muestra:
DNA Resuspendido en Buffer TE (10mM Tris pH=8.0 / 1nM EDTA).
Lecturas en espectrofotómetro con índices 260/280 y 260/230 ≥ 1.2
No Degradado ni contaminado.
Transportado en refrigeración.
* Para PI 50 ng/uL en 40 uL
* Para PA 70 ng/uL en 25 uL
* PI Plataforma Illumina
* PA Plataforma Affymetrix
Microarreglos de Genotipificación por Mapeo Fino
Diseño personalizado a la medida del investigador, análisis hasta de 1536 SNP's dispuestos en arreglos para el procesamiento simultáneo de hasta 32 muestras, asistencia en la selección de SNP's.
Requerimientos de la muestra:
DNA Resuspendido en Buffer TE (10mM Tris pH=8.0 / 1nM EDTA).
Lecturas en espectrofotómetro con índices 260/280 y 260/230 ≥ 1.2
No Degradado ni contaminado.
Transportado en refrigeración.
*Para PI
-Genotipificación por panel 50 ng/uL en 40 uuL
(citogenética/ligamiento)
-Genotipificación diseño a la medida 50 ng/uL en 20 uL
* PI Plataforma Illumina
* PA Plataforma Affymetrix
Microarreglos para Análisis de Expresión Génica
Análisis de transcriptoma completo de diversas especies, con opción de evaluar desde las regiones 3’UTR de los transcritos hasta variantes de splicing alternativo, y transcritos largos no codificantes. Alto grado de redundancia, detección de transcritos en tejidos frescos o embebidos en parafina, páneles específicos por enfermedad y por especie.
Requerimientos de la muestra:
RNA Resuspendido en agua libre de RNAsas o grado Biología Molecular.
Lecturas en espectrofotómetro con índices 260/280 y 260/230 ≥ 1.2
No contaminado y libre de inhibidores enzimáticos para PCR.
Transportados en hielo seco o nitrógeno líquido.
*Para PI 150 ng/uL en 10 uL, RIN=7.0
*Para PA 90 ng/uL en 10 uL, RIN = 6.5
* PI Plataforma Illumina
* PA Plataforma Affymetrix
Microarreglos para Análisis de Expresión de miRNAs
Evaluación de RNA’s pequeños no codificantes (microRNA, scaRNA y snoRNA) involucrados en la regulación genética de diversos organismos, con contenido del 100% de la base de datos miRBase.
Requerimientos de la muestra:
RNA Resuspendido en agua libre de RNAsas o grado Biología Molecular.
Lecturas en espectrofotómetro con índices 260/280 y 260/230 ≥ 1.2
No contaminado y libre de inhibidores enzimáticos para PCR.
Transportados en hielo seco o nitrógeno líquido.
*Para PA 100 ng/uL en 15 uL
* PI Plataforma Illumina
* PA Plataforma Affymetrix
Microarreglos para Análisis Epigenéticos
Capacidad de análisis de 485 mil islas CpG's con resolución de un solo nucleótido, cobertura de 99% de los genes referidos en el GeneBank, con un promedio de 17 sitios CpG por región génica distriuidos através del promotor, 5’UTR, primer exón, cuerpo del gen y 3’UTR.
Requerimientos de la muestra:
DNA Resuspendido en Buffer TE (10mM Tris pH=8.0 / 1nM EDTA).
Lecturas en espectrofotómetro con índices 260/280 y 260/230 ≥ 1.2
No Degradado ni contaminado.
Transportado en refrigeración.
*Para PI 50 ng/uL en 40 uL
* PI Plataforma Illumina
* PA Plataforma Affymetrix
Microarreglos de Citogenética
Contenido hasta de 850 mil SNP’s y 2.6 millones de CNV’s distribuídos tanto en regiones de interés citogenético como a lo largo de los cromosomas, con eficiencia del 99% en detección de breakpoints; evaluación de determinación de Pérdida de Heterocigocidad (LOH), Regiones Idénticas por Descendencia, contaminación materna, bajo nivel de mosaicismo; visualización de heterogeneidad de muestras, diversidad clonal y disomía uniparental (UPD); con redundacncia de hasta 15X.
Requerimientos de la muestra:
DNA Resuspendido en Buffer TE (10mM Tris pH=8.0 / 1nM EDTA).
Lecturas en espectrofotómetro con índices 260/280 y 260/230 ≥ 1.2
No Degradado ni contaminado.
Transportado en refrigeración.
*Para PA 50 ng/ uL en 10 uL
* PA Plataforma Affymetrix
Microarreglos para el Análisis Farmacogenómico
Evaluación de variantes contenidas en genes que codifican para enzimas metabolizadoras y transportadores de fármacos, con el propósito de predecir la capacidad metabólica de cada individuo debida a sus variaciones genéticas particulares. Contenido de 1,936 variantes tipo SNP y CNV distribuidas en 231 genes de relevancia farmacocinética.
Requerimientos de la muestra:
DNA Resuspendido en Buffer TE (10mM Tris pH=8.0 / 1nM EDTA).
Lecturas en espectrofotómetro con índices 260/280 y 260/230 ≥ 1.2
No Degradado ni contaminado.
Transportado en refrigeración.
*Para PA 80 ng/uL en 40uL
* PA Plataforma Affymetrix
Lector Bead array y autoloader(Plataforma Illumina)
Plataforma automatizada que incluye robot autocargador de microarreglos y equipo lector de microarreglos de primera generación que permite una resolución menor a un micron y está diseñado exclusivamente para adquirir imágenes y datos de la Plataforma Illumina para aplicaciones multi-muestras de genotipificación de SNPs y pérfiles de expresión génica.
Lector de microarreglos Iscan (Proveedor Illumina)
Tecnología de microarreglos en esferas para análisis de DNA y RNA. Cada esfera está cubierta por cientos de miles de copias de oligos específicos que actúan como secuencias de captura.
Robot Tecan
Estación automatizada para el procesamiento de microarreglos.
Lector de microarreglos GeneChip (Proveedor Affymetrix)
Los oligonucleótidos que sirven como sondas de captura se encuentran unidos a un chip de vidrio con tecnología de semiconductores.
Estaciones de fluido 450 (Plataforma Affymetrix)
Utilizadas como estaciones de lavado y tinción de los arreglos Affymetrix GeneChip®, para lograr una mayor eficiencia y automatización de procesos.
